Urodzona w Katowicach, studiowała organy pod kierunkiem prof. Magdaleny Czajki i prof. Juliana Gembalskiego. W 2002 roku uzyskała dyplom z wyróżnieniem w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie. Jest również konserwatorem-zabytkoznawcą, absolwentką Wydziału Sztuk Pięknych Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu. W 2011 roku uzyskała stopień naukowy doktora. 

Została wyróżniona nagrodami na krajowych i międzynarodowych konkursach organowych (Wrocław 1996, Rumia 1999). Brała udział w wielu kursach i festiwalach muzyki organowej w Polsce i za granicą. Dwukrotnie była stypendystką Ministra Kultury w dziedzinie ochrony dóbr kultury. 

Małgorzata Trzaskalik-Wyrwa jest dyrektorem i wykładowcą Diecezjalnego Studium Muzyki Kościelnej w Siedlcach, a także członkiem Diecezjalnych Komisji ds. Muzyki Kościelnej w Siedlcach i we Wrocławiu zajmując się zabytkowym instrumentarium organowym. Jest również adiunktem w Katedrze Organów i Klawesynu Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie, gdzie prowadzi wykłady z organoznawstwa, kameralistyki organowej i gry liturgicznej. 

Jako prezes Stowarzyszenia PRO MUSICA ORGANA popularyzuje organy i muzykę organową. Jest dyrektorem artystycznym Jesienno-zimowych Koncertów w Katowicach-Brynowie, Wieczorów Muzycznych przy Organach Wagnera w Siedlcach oraz Międzynarodowych Spotkań Organowych. Prowadzi także chór dziecięcy Piccolo Coro Calasanziano u ojców pijarów w Warszawie na Siekierkach. 

Od 2017 roku Małgorzata Trzaskalik-Wyrwa jest rzeczoznawcą Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w zakresie opieki nad zabytkami w specjalizacji organy historyczne i współczesne.