Pierwszy kamień pod fundamenty nowego Kościoła położył ks. Józef Stolarczyk – pierwszy proboszcz w Zakopanem, w 1877 roku. W budowie Kościoła brali udział nie tylko rdzenni mieszkańcy, ale i właściciel dóbr zakopiańskich Władysław Zamoyski. Budową nowej świątyni kierował arch. Józef Dziekoński.
16 września 1899 roku Kościół parafialny pod wezwaniem Świętej Rodziny został konsekrowany przez ks. biskupa krakowskiego Jana Puzydę.

W okresie międzywojennym dokończone zostało wnętrze neoromańskiego kościoła. Położono miedzianą blachę na dachu, w wierzy wstawiono dzwony, a tylną część Kościoła ozdobiły organy, wybudowane przez Antoniego Sapalskiego w 1854 roku w kościele p. w. M. B. Częstochowskiej (wówczas Św. Klemensa), skąd zostały przeniesione w 1901 do nowo powstałego kościoła w Zakopanem, gdzie remontował je Stefan Grudziński.

W 1928 roku ks. proboszcz Jan Tobolak i organista Józef Mistrzyk podjęli decyzję o budowie nowych organów. Organy Sapalskiego zostały przeniesione do Kościeliska, gdzie znajdują się do dnia dzisiejszego, w latach 2006-2007 zostały rozbudowane przez Andrzeja Guziaka, sprawującego opiekę nie tylko nad nimi, lecz nad wszystkimi organami w Zakopanem.

W 1928 roku do kościoła Św. Rodziny sprowadzono z niemieckiej fabryki Rieger z Krnova organy Opus 2300. Mają one 33 głosy, 3 manuały C-h3, (2 i 3 zamknięte w szafach ekspresyjnych) oraz pedał C-f1 oraz pneumatyczną trakturę gry i uruchamiania registrów. Organy wyposażone są dodatkowo w: automat pedału, crescend, II wolne kombinacje, połączenia: P / mf / F / FF / TT, Wł. Registrów oraz Wł. gł. Językowych.
W roku 2000 dzięki staraniom ks. Prałata St. Olszówki i ofiarności parafian, został przeprowadzony kapitalny remont organów.

Dekretem z dnia 18.01.2016 roku ks. Kardynał Stanisław Dziwisz ustanowił Sanktuarium Najświętszej Rodziny w Kościele Parafialnym Najświętszej Rodziny w Zakopanem.

Więcej informacji na www.swrodzina.net